항공권의 경우 부가가치세법상 영수증으로 간주되어 세금계산서는 발급받을 수 없습니다.
세법상 국내선의 경우 공급받는 자가 사업자인 경우 세금계산서 교부 요청을 하더라도 세금계산서를 교부할 수 없기 때문입니다.
(사업자가 공급받는 경우 사업자를 최종 소비자로 간주)

여객운송의 경우 대부분 사업자가 아닌 소비자에게 용역을 제공하는 것이기 때문에 관련 부가가치세를 공제받을 수 있도록 규정하고 있지 않습니다.
또한 신용카드매출전표 이면확인에 따른 부가가치세 매입세액 공제도 세금계산서 교부의무가 있을 경우에만 가능하므로 국내선 항공운임에 포함되어 있는 부가가치세는 공제받을 수 없습니다.
국제선의 경우 항공기의 외국항행용역에 해당되어 세금계산서의 교부의무가 면제됩니다.
교부의무 면제는 세금계산서를 교부할 수 없음을 의미합니다.
한편 법인의 경우 항공기의 항행용역을 제공받은 경우에는 지출증빙서류 수취특례규정에 의거 법정지출증빙(세금계산서, 신용카드매출전표, 계산서)을 교부 받지 않더라도 법정지출증빙 미수취로 인한 가산세가 적용되지 않습니다.

※ 관련 법조문 : 부가가치세법 32조, 동법시행령 제79조의 2 제 ①항 5호 및 ③항 외